广州中医药大学工会1958年6月成立，是学校党委领导下教职工自愿结合的群众组织，是学校联系广大教职工的桥梁和纽带。目前校本部在编会员1011人，校聘合同制会员481人。四所附属医院会员12189人。校本部设13个基层工会。

学校工会下设文体工作委员会和女教职工工作委员会。管理教职工足球协会、篮球协会、乒乓球协会、羽毛球协会、网球协会、书画协会、摄影协会、匹克球协会等文体社团，并在活动经费和场地上给予支持。

学校工会依据高等教育法、工会法和《高等学校教职工代表大会暂行条例》等有关法规，在学校党委的领导下，团结和动员全校教职工，支持学校建设与发展，维护教职工合法权益，保障教职工参与学校的民主决策、民主管理和民主监督的权利。

近几年来，学校工会成绩突出，除围绕学校中心开展工作外，不断加强自身建设，突出维护职能，强调服务意识，努力为群众办好事、办实事，校园文化活动丰富多彩，受到广大教职工的普遍好评。

学校工会被评为广东省总工会"先进职工之家"、"模范职工之家"等称号。学校教职工也荣获全国五一劳动奖章、全国师德先进个人、全国"三八"红旗手、广东省师德先进个人等荣誉。在全国教职工教学基本功大赛、广东省职工心理健康服务职业技能大赛等喜获佳绩。